Kalaja e Prezës është ndërtuar mbi një shkëmb i cili zgjatet duke u ulur në drejtim të veri-jugut.
Ultësira kodrinore bregdetare midis Tiranës dhe Durrësit çahet mes përmes prej dy korridoresh gjeografikë: Grykës së Vorës dhe luginës së Ndroqit ku kalojnë dy rrugët natyrale që lidhin Durrësin me fushën pjellore të Tiranës dhe me malësitë e thella të Bendës, Martaneshit, Krujës, Matit dhe Dibrës. Dy korridoret e ndajnë trevën në tri pjesë:
Në veri është krahina e Prezës e quajtur dikur Skura e Madhe, në qendër shtrihet krahina e Shijakut me emrin mesjetar Skura e Vogël, në jug ndodhet krahina e Ndroqit e cila së bashku me krahinën e Kavajës e të Pezës quhej disa shekuj më parë Tumenisht. Kalaja e Prezës është ndërtuar në pjesën më të lartë të vargut kodrinor, prej nga zotërohej pjesa veriore e fushës së Tiranës dhe kontrollohej rruga me rëndësi ekonomike dhe ushtarake që lidhte Durrësin me Krujën dhe me Shkodrën.
Kodra mbi të cilën është ndërtuar kalaja është një kreshtë shkëmbi shtufore që zgjatet në drejtim veri-jug, ndërsa sipërfaqja brenda mureve ka pasur pjerrësi nga lindja në perëndim që me kalimin e kohës është niveluar deri në një farë mase.

Ana lindore e kalasë është e mbrojtur nga vetë terreni, kurse ana perëndimore përbën një territor të sheshtë, prandaj dhe fortifikimi është përqendruar pikërisht në këtë pjesë.
